
Sterfte
Bij sterfte onder varkens wordt er vaak een onderscheid gemaakt tussen sterfte bij biggen en sterfte bij zeugen, aangezien dat de meest kwetsbare groepen zijn.
Biggensterfte
Bij biggensterfte wordt er onderscheid gemaakt tussen biggen die doodgeboren worden en biggen die sterven na de geboorte voordat ze bij de moeder worden weggehaald (spenen). In 2015 was het percentage doodgeboren biggen 7,6% ten opzichte van 6,9% in 2014. De biggensterfte na de geboorte is de laatste jaren ook toegenomen en was in 2015 13,8% ten opzichte van bijvoorbeeld 13,0% in 2012 (LEI, AgroVision).
De oorzaak van deze toegenomen sterfte ligt vooral in de toename van het aantal biggen dat geboren wordt. Deze blijft namelijk door selectief fokken ook stijgen en was 14,2 biggen per zeug gemiddeld in 2014 ten opzichte van 11,4 in 2001. De biggen die geboren worden zijn door de steeds groter wordende worpgrootte (toom) vaker kleiner en daardoor zwakker. Bovendien is er het risico dat ze te weinig melk krijgen, aangezien het aantal biggen dat geboren wordt, sneller stijgt dan het aantal tepels van de zeug.
Van de biggen die dood geboren worden, behoort 75% bij de laatste 3. Vooral bij oudere zeugen duurt de bevalling namelijk langer door slappere baarmoederspieren. [26] Ook wordt bij oudere zeugen vaker de bevalling opgewekt door oxytocine-injecties, met als risico dat de nageboorte eerder loslaat, waardoor de nog niet geboren biggetjes kunnen sterven aan een zuurstoftekort. Het kunstmatig opwekken van de geboorte met oxytocine gebeurt vaak ook nog eens te vroeg, waardoor de geboren biggen nog kleiner en zwakker zijn. In 2012 werd geschat dat ⅓ van alle varkenshouders in Vlaanderen de bevalling kunstmatig opwekte. [27]
De belangrijkste oorzaken van sterfte na de geboorte zijn ziekte en doodliggen. Doodliggen is het verschijnsel dat de zeug op de biggen gaat liggen of op een andere manier de big dooddrukt. Ook hier geldt dat het risico bij grotere worpen en biggen met een laag geboortegewicht groter is. Daarnaast hebben zeugen vaak poot/klauwproblemen en een slechte spierconditie als gevolg van langdurig staan, weinig bewegen en selectief fokken. Hierdoor hebben ze minder controle over het gaan liggen. Vandaar dat zeugen over het algemeen in een zogenoemde kraamkooi worden opgesloten, waarin ze zich nauwelijks kunnen bewegen, zodat de kans op het doordrukken van de biggetjes (die wel uit de kooi kunnen) wordt verkleind. Varkens zijn van nature dieren die een nest bouwen om in te bevallen. Echter, in de reguliere varkenshouderij kunnen ze géén uiting geven aan dit natuurlijke gedrag. Hierdoor zijn zeugen vlak voor de bevalling erg onrustig en hebben ze soms tijdens het bevallen nog nestbouwneigingen, wat het risico op dooddrukken vergroot. Ten slotte wordt er selectief gefokt op snelle gewichtstoename en veel biggen per worp, wat ten koste gaat van andere eigenschappen zoals een goed moederinstinct, waarbij zeugen alerter reageren op biggen. [28] Samengevat sterft dus 1 op de 5 biggen. 
Zeugensterfte
Zeugen zijn in de moderne veehouderij ware productiemachines geworden; ze moeten in een zo kort mogelijke tijd zoveel mogelijk biggen produceren. Zo gauw de “productie” afneemt, neemt hun economische waarde ook af en worden ze afgevoerd naar het slachthuis en vervangen. Normaal gesproken heeft een zeug gemiddeld 6 keer biggen gehad (geworpen). Hierna neemt het aantal doodgeboren biggen toe. Een zeug haalt daarom hooguit het vierde levensjaar. [29] Echter, een groot aantal zeugen haalt dit niet door vervroegde afvoer of uitval. Vervroegde afvoer vindt plaats wanneer de productiviteit onvoldoende is. Vruchtbaarheidsproblemen en kreupelheid zijn de belangrijkste oorzaken voor vervroegde afvoer van zeugen. [30] Uitval is vakjargon voor plotselinge sterfte of het ontstaan van dusdanig letsel dat een zeug ter plekke wordt afgemaakt. Internationale cijfers laten zien dat de gemiddelde zeugensterfte de laatste jaren stijgt en kan oplopen tot 10%. [31] Dit wordt toegeschreven aan de toename in bedrijfsgrootte en de verhoogde lichamelijke belasting van zeugen. [32] Rondom het werpen is het risico van sterfte het hoogst, aangezien zeugen dan de meeste stress ervaren. Ook is er een verhoogde sterfte in de zomer als gevolg van hittestress. 
Stalbranden
Stalbranden en met name de frequentie waarmee ze voorkomen zijn helaas ook een typisch gevolg van de huidige vorm van dierenhouderij. In 2016 kwamen maar liefst 13.592 varkens om in 8 stalbranden. [33] In 2017 waren er dat ongeveer 50.000 in 7 branden. [34] Doordat het aantal varkens per bedrijf nog steeds toeneemt, neemt het aantal slachtoffers per stalbrand ook toe. Stallen met dieren vormen sowieso een hoog brandrisico. Zo is de kans dat er een brand ontstaat bij een pluimveebedrijf 8 keer hoger dan bij een normale woning en bij een varkensbedrijf 6 keer. [35] Aangezien de meeste dieren niet zelfredzaam zijn (met name varkens en kippen), de evacuatiemogelijkheden nihil zijn en er vaak maar 1 tot enkele personen aanwezig zijn op honderden tot soms wel duizenden dieren, zijn de overlevingskansen zeer gering. Ten slotte is Nederland een van de weinige landen waar automatische blusinstallaties géén gemeengoed zijn. Al blijft de vraag of dit veel zal helpen, aangezien de meeste branden zich razendsnel verspreiden via isolatiemateriaal in het plafond en het dak, waar bijvoorbeeld een sprinklerinstallatie géén invloed op heeft.



